Biotska raznovrstnost predstavlja variabilnost med živimi organizmi na genski, vrstni in ekosistemski ravni. Njena ohranitev poteka z ohranitvijo ekosistemov in naravnih habitatov v naravi ter vzdrževanjem in krepitvijo populacij, ki so sposobne nadaljevati razvoj vrst v svojem naravnem okolju. Vrst in interakcij med njimi ter z neživim okoljem je veliko, zato je opisovanje stanja zelo kompleksno. Iz praktičnih razlogov je omejeno na manjše število vrst, habitatnih tipov in parametrov, pomembnih za njihov nadaljnji obstoj. Stanje vrst, katerih življenjski prostor je kmetijska krajina, in habitatnih tipov, ki so vezani na ta življenjski prostor, se slabša, tako pri specializiranih travniških vrstah in habitatnih tipih kot pri generalistih. Kmetijstvo po eni strani tem vrstam in habitatnih tipom zagotavlja življenjski prostor, po drugi strani pa je preveč intenzivno kmetijstvo tudi velika grožnja zagotavljanju ugodnega stanja evropsko pomembnih vrst in habitatnih tipov.

Velik del habitatnih tipov, vezanih na vode, je prav tako v slabem stanju ohranjenosti, vključno z barjanskimi in mokričinimi habitatnimi tipi. Prezimujoče vodne ptice kažejo stabilno stanje. Antropogeno spreminjanje vodnih ekosistemov je druga največja grožnja evropsko pomembnim vrstam.

Stanje gozdov je dobro, izjema so le posebni gozdni habitati in habitatni tipi (npr. v nižinskih poplavnih gozdovih). Zagotavljanje naravne sestave drevesnih vrst, vertikalne in horizontalne strukturiranosti sestojev ter ustrezno velikega deleža odmrle lesne biomase (ležeče in stoječe) je pomembno za nadaljnje zagotavljanje biotske raznovrstnosti.

Med evidentiranimi pritiski in grožnjami za evropsko pomembne vrste in habitatne tipe v Sloveniji izstopajo pozidava, zlasti z urbanizacijo in industrializacijo, prometom, ter intenzifikacija kmetijstva. Posledice teh procesov so za naravo uničujoče oblike urejanja vodotokov, tudi zaradi zagotavljanja protipoplavne varnosti. Nadaljnje pritiske na lokalni ravni povzroča tudi proizvodnja energije, zlasti določenih oblik obnovljivih virov energije. Podnebne spremembe in širjenje invazivnih vrst še dodatno poslabšujejo stanje.

Ključni odziv na obvladovanje teh obremenitev je vključitev ciljev trajnostnega razvoja v politike vseh ključnih sektorjev ter vključitev ohranjanja biotske raznovrstnosti v sektorske in medsektorske načrte, programe in politike. Nadaljnji korak je nato presoja sprejemljivosti sektorskih izvedbenih aktov (programov in projektov) za zagotavljanje rešitev, ki varovanih območij narave (zavarovanih območij in Nature 2000) ne prizadenejo ali pa le nebistveno.

Varstvo narave pa posebno skrb namenja območjem, ki so še posebej pomembni za ohranjanje biotske raznovrstnosti in naravnih vrednot, to so zlasti zavarovana območja in območja Natura 2000. Pri določitvi teh območij je bil v zadnjem času narejen opazen premik, sedaj je ključno ustrezno upravljanje teh območij in dogajanja v njih.

Ključni prihodnji izzivi so dopolnitve sicer že dobro organiziranih institucij varstva narave, zlasti za odzivanje na nove in prihajajoče vsebine, ter krepitev nadzorne vloge. Ključna je okrepljena vloga ministrstva (z ustrezno kadrovsko okrepitvijo) pri sooblikovanju ter izvajanju mednarodnih politik, politik EU in slovenskih politik. Pomembno bo tudi zagotoviti financiranje ukrepov varstva narave s sredstvi skladov EU, krepitev sistema spremljanja stanja biotske raznovrstnosti in zagotavljanje dostopnosti do zbranih podatkov.